Общая хронология истории храма
Д. Лобанов
4 октября 1475 г. Первое упоминание деревянной церкви Космы и Дамиана.

1560-е гг. Постройка нового деревянного храма после пожара 24 августа 1564 г.

1580-е гг. Постройка на средства Годуновых первой каменной церкви.

1617/1618 гг. Первое упоминание придельной церкви Святителя Николая (была перестроена на средства боярина М.Б. Шеина, к концу XVII в. перестала существовать).

1630/1631 гг. Первое упоминание придельной церкви Похвалы Пресвятой Богородицы (построена дьяком Булгаком Миловановым).

1641 г. С левой стороны церкви Космы и Дамиана гостем* Михаилом Ерофеевым была построена придельная церковь Иоанна Златоуста (в дальнейшем домовая церковь Акишевых и Лачиновых). Первое упоминание Успенского придела, давшего второе название храму.

Гость — название наиболее богатых, крупных купцов до введения купеческих гильдий в 1724 г., к середине XVII в. гости стали высшей категорией привилегированного русского купечества.
1656/1657 гг. Расширение церковного кладбища. Появление церковного дома на противоположной стороне Космодамиановского (Старопанского) переулка.

1680-е гг. Построена придельная церковь Воскресения Христова на дворе боярина А.С. Шеина.

Апрель 1722 г. Согласно именному царскому указу службы в придельных церквах Похвалы Пресвятой Богородицы и Воскресения Христова на Шеином дворе упраздняются (придел Воскресения Христова выгорел в Троицком пожаре 1737 г., придел Похвалы Богородицы просуществовал до 1739 г.).

1748−1778 гг. Настоятелем храма был священник Афанасий Ефимов (1714−1786).

1770-е — 1784 гг. К церкви Космы и Дамиана был приписан Ильинский храм Новгородского подворья.

1770-е гг. Расширение прихода: к восьми дворам церкви Космы и Дамиана было приписано 39 дворов прихода Ильинской церкви Новгородского подворья, включая Синодальную певчую слободу.

1778 г. Вновь открыта пономарская вакансия (была упразднена в последней четверти XVII в.).

1778−1798 гг. Настоятелем храма был священник Иоанн Ефимович Левицкий (1750−1821). В 1798 г. принял монашество с именем Иринарх, впоследствии архимандрит.

1 мая 1784 г. Церковь Иоанна Златоуста (домовый храм Лачиновых) было велено считать приписанной к церкви Космы и Дамиана.

16 октября 1784 г. Упразднена диаконская вакансия.

1803 г. Перестройка церкви в стиле классицизма. Постройка колокольни. При перестройке придельная церковь Иоанна Златоуста была разобрана.

1804 г. Восстановление в церкви Космы и Дамиана придела Святителя Иоанна Златоуста.

Сентябрь 1812 г. В пожаре Москвы, после входа в нее французской армии Наполеона, обгорели храм, колокольня и церковный дом.

28 ноября 1812 г. После пожара освящен придел Иоанна Златоуста.

15 декабря 1812 г. После пожара освящен придел Космы и Дамиана.

6 августа 1813 г. После пожара освящен придел Успения Пресвятой Богородицы .

Февраль 1815 г. Вновь открыта диаконская вакансия в храме.

1830−1850 гг. Настоятелем храма был священник Георгий Михеевич Беляев (1790−1850).

1838 г. Зимний придел Космы и Дамиана был соединен общей трапезной с приделом Успения Пресвятой Богородицы.

1850−1884 гг. Настоятелем храма был протоиерей Федор Павлович Соловьев (1812−1884).

1853 г. Возобновлен (обновлен) придел Успения Пресвятой Богородицы.

1860 г. Перестроен церковный дом (в последствии дом В.Ф. Аршинова).

1860-е гг. Дмитрий Григорьевич Вигилев организовал при церкви хор из чернорабочих.

1877 г. Возобновлен (обновлен) придел святых Космы и Дамиана.

1878 г. После устройства в храме нового иконостаса, придел Иоанна Златоуста был упразднен.

1881 г. Постройка мануфактур-советником Алексеем Ивановичем Хлудовым на церковной земле, к западу от колокольни, нового дома (второй церковный дом).

1884−1901 гг. Настоятелем храма был протоиерей Василий Сергеевич Богословский (1826−1909).

1900 г. Открытие второй священнической вакансии в храме.

15 октября 1900 г. Освящение торгового дома В.Ф. Аршинова на месте старого церковного дома (первый церковный дом церкви Космы и Дамиана).

1901−1918 гг. Первым священником (с 1909 г. настоятелем) храма был протоиерей Александр Васильевич Клириков.

1911−1913 гг. Постройка рядом с церковью нового церковного дома (третий церковный дом).

27 ноября 1918 г. Вторая священническая вакансия в храме была закрыта.

1918−1929 гг. Настоятелем храма был протоиерей Петр Иванович Архангельский (1862 — ок. 1931).

Апрель 1922 г. Изъятие церковных ценностей храма.

Август-сентябрь 1926 г. Разборка колокольни и трапезной части церкви. Снос второго церковного дома (построен А.И. Хлудовым).

Осень 1926 г. — январь 1928 г. Реставрация церкви Д.П. Суховым. Древняя часть церкви (придел Космы и Дамиана) была отреставрирована в виде двухшатрового храма.

Осень 1927 г. — 29 октября 1929 г. Пребывание в храме общины-семьи Василия Петровича Савельева (в последствии архимандрита Сергия) (1899−1977).

Конец 1929 г. — январь 1930 г. Храм был закрыт.

Ноябрь 1931 г. Внешний вид храма после реставрации был обезображен. Шатры и главка церкви снесены. Наличники, порталы и прочий декор срублены и заштукатурены.

1995 г. Храм возвращен Русской Православной церкви.

9 декабря 1995 г. Был освящен южный придел Успения Пресвятой Богородицы.

2000−2001 гг. Храм отреставрирован архитекторами Б. В. Левянтом и В. Н. Павловым.

26 ноября 2006 г. Малое освящение северного придела святых Космы и Дамиана.